Às Unidades de Controle Interno Setoriais, no âmbito dos órgãos da Prefeitura Municipal de Salvador em que estiverem alocadas competem: acompanhar os controles internos da gestão orçamentária, financeira, contábil, patrimonial, operacional quanto à legalidade, legitimidade e economicidade, com vistas à mitigação dos pontos de fragilidade e suscetibilidade a corrupção e redução de falhas involuntárias, conforme programação aprovada pela Controladoria Geral do Município.